في حين يتواصل النقاش على المستوى الدولي بشأن تطوير الأنواع الرئيسية من الوقود الأحيائي، بدأ الجيل الثاني من الوقود الأحيائي المستخرج من النفايات الزراعية يشكل بديلاً، يراعي السلامة البيئية، لصانعي السياسة وأصحاب المشاريع المهتمين بتطوير الوقود الأحيائي بما في ذلك في منطقة الإسكوا. ويشير المؤيدون للجيل الثاني من الوقود الأحيائي كبديل إلى أن التطورات في هذا القطاع يمكن أن تساعد على التصدي للمشاكل البيئية في المنطقة وكذلك توليد فرص عمل ودخل جديدة من خلال إدخال التكنولوجيات السليمة بيئياً. وتبحث هذه الدراسة في الفرص والعقبات المرتبطة بتطوير الجيل الثاني من الوقود الأحيائي في المنطقة، وذلك استناداً إلى مراجعة ما هو متوفر من التكنولوجيات السليمة بيئياً والتي بإمكان المؤسسات الصغيرة والمتوسطة الحصول عليها. وتعرض دراسات حالة لبعض البلدان استناداً إلى تقييم مالي وبيئي، كما تقدم تحليلاً للنفايات الزراعية التي تخلفها ثلاثة قطاعات هامة في المنطقة وهي صناعات زيت الزيتون، والسكر (من قصب السكر والشمندر السكري)، والألبان. وتقدم أيضاً مجموعة من التوصيات الهادفة إلى مساعدة صانعي القرار وأصحاب المشاريع في سعيهم إلى تطوير الجيل الثاني من الوقود الأحيائي باستخدام التكنولوجيات السليمة بيئياً.