تتألف اللجنة من 9 هيئات فرعية حكومية هي اللجنة التنفيذية ذات الدور الأساسي في توجيه أنشطة الإسكوا وتنسيقها، و8 هيئات فرعية متخصصة تساعد اللجنة في صياغة برنامج عملها وتشكل حلقة وصل بين الأخصائيين في البلدان الأعضاء وخبراء اللجنة الفنيين.
وتجتمع هذه اللجان مرة كل سنتين تطبيقاً لقرار الإسكوا 219 (د-20) المؤرخ 27 أيار/مايو 1999، باستثناء لجنة النقل، واللجنة الفنية المعنية بقضايا تحرير التجارة الخارجية والعولمة الاقتصادية وتمويل التنمية في البلدان الأعضاء في الإسكوا، اللتين تجتمعان بشكل سنوي. أما اللجنة التنفيذية فتجتمع ثلاث مرات كل سنتين.