يعمل تحت إشراف وزارة البحث العلمي. فى إطار خُطة وزارة البحث العلمى لإعادة هيكلة منظومة العلوم والتكنولوجيا فى مصر، تم إنشاء المجلس الأعلى للعلوم والتكنولوجيا برئاسة الأستاذ الدكتور رئيس مجلس الوزراء وعضوية مجموعة من الوزراء والعلماء ورجال المجتمع والصناعة، ويختص المجلس بالتخطيط الاستراتيجى ووضع الرؤى المستقبلية للعلوم والتكنولوجيا واعتماد معايير الخطة التنفيذية ومتابعتها لتحقيق أهداف الخطة الوطنية.