يعمل تحت إشراف وزارة الزراعة والري. يُعول على صندوق تشجيع الإنتاج الزراعي والسمكي مساندة جهود الحكومة للنهوض بقطاعي الزراعة والأسماك في اليمن من خلال تشجيع المزارعين والصيادين، حيث يعد الصندوق الجهة المخولة بتخفيف الأعباء الناتجة عن ارتفاع أسعار المستلزمات ومدخلات الإنتاج اللازمة لاستمرار عملية الإنتاج والحفاظ على الأراضي الزراعية والثروة السمكية وبما من شأنه توفير الأمن الغذائي للبلاد وتوفير بيئة تنموية شاملة. تكمن أهمية الصندوق في إسهامه كمؤسسة مستقلة تعنى بتشجيع الإنتاج الزراعي والسمكي فضلا عن إسهامه في دعم جهود التنمية الزراعية والسمكية في اليمن ومجالات توفير الأمن الغذائي .